Dalam melaksanakan fungsinya, Puslitbang Biomedis dan Farmasi didukung oleh 7 Laboratorium yang beberapa diantaranya telah mendapatkan akreditasi dan menjadi laboratorium rujukan WHO untuk beberapa penyakit (Polio, Campak dan Japanese Encehpalitis/JE) serta sebagai laboratorium rujukan nasional untuk pemeriksaan spesimen Flu Burung/Avian Influenza (AI) dan Demam Berdarah (DBD).

Ke 7 Laboratorium tersebut adalah sebagai berikut: